本核心整合了多位教師的專長，透過以客戶為中心(client-centric)的方式，串聯學研、醫院、廠商，並建立夥伴關係互相轉介服務，提供臨床研究領域到動物細胞模式完整菌相分析服務。我們設立協調中心，統籌服務管理與教育訓練;子計畫所各以專長開發分析與大數據資料庫，同時視需要組成服務團隊，提供專業資料分析服務與諮詢，形成支援國內相關產業所需之微菌技術平台的後盾。子計畫服務之分工如下：
總計畫：協調中心(coordination unit)—吳俊穎講座教授及中心主任（國立陽明交通大學醫學院微菌叢研究中心）
子計畫一：微菌培養體學中心—陳倩琪資深研究員、黃建勳研究員（食品所生物資源保存及研究中心)、高正彥助理教授（國立陽明交通大學）、邱政洵副院長（林口長庚紀念醫院）、吳明賢院長(國立臺灣大學醫學院附設醫院)
子計畫二：代謝體中心—李耀坤教授、吳東昆教授（國立陽明交通大學）、郭錦樺教授（國立台灣大學藥學系）、陳介章醫師（國立台灣大學醫學院）
子計畫三：動物模式中心—吳偉愷醫師（國立台灣大學醫學院）、吳莉玲助理教授（國立陽明交通大學）
子計畫四：微菌叢植入製備中心—吳俊穎教授（國立陽明交通大學）、陳怡如主任（臺中榮民總醫院）、張吉仰副院長（輔仁大學附設醫院）
