微菌叢植入製備中心將提供FMT植入物給服務對象，以進行動物試驗、臨床治療或者臨床試驗，本中心將結合微菌培養中心、代謝體中心、動物模式中心以及全球少數兼具食品與生物資源研發能量之研究機構-BCRC，透過其他中心的重要發現，以尋找最佳的可能捐贈者，在動物試驗或者臨床試驗上來驗證上述三個中心的重要研究成果，同時尋找FMT癒後的相關指標，以作為微菌叢研究落地的重要里程碑。
FMT微菌叢植入的推廣，可嘉惠目前臨床上反複性艱難梭菌感染治療成效不佳的病友，並且隨著進行中數十種微生物群相關適應症如腸道疾病、肥胖、代謝症候群、癌症、腦神經系統疾病等潛在療法的研究陸續進行中。
本中心亦同時進行各項微菌臨床研究與生醫資訊研究，並持續關注國際FMT的研究進展，積極導入推展至其他適應症的臨床處置造福更廣大的病友族群，也可帶動由診斷、預防、治療、預後等產業鏈上下游的後續發展及商機。
