建置國家人體微菌研究合作與技術服務核心設施計畫為2023年國科會補助之整合型計畫，規劃建立國內第一個結合臨床大數據資料與標準化腸道菌相分析的糞便微菌叢資料庫、微菌叢代謝體整合資料庫、自動化報告與分析平台及疾病動物細胞模式，將來可發表於國際期刊及申請專利，大幅提升台灣在國際腸道菌相領域學術地位；所建立之腸肝軸疾病動物模式，將可貢獻於國人疾病診斷與預防，降低社會醫療支出與家庭經濟負擔。
本計畫結合微菌培養體學、代謝體、動物模式、微菌叢植入製備等四個微菌研究重要的中心，結合包括國立陽明交通大學、食品所生物資源保存及研究中心、國立臺灣大學醫學院附設醫院、國立台灣大學藥學系及多所醫學中心的執行團隊，提供國內進行微菌相關研究、產業開發所需核心關鍵技術一條龍的技術服務鏈。
計畫目標
- 建立本土微菌銀行(或資訊平台)
建立健康微菌庫與施行微菌叢植入治療之醫療團隊與環境，並建置健康微菌資料庫倉儲系統，收集完備本土微菌資源作為國內腸道微生物組研發，透過完善的微菌培養體學技術平台，系統性的收存本土微菌，建立台灣健康人代表性腸道微菌庫，進而開發不同適應症的微菌治療常模，奠定微菌轉譯應用的重要基礎。
- 促進微菌叢代謝物在醫療與健康產業的應用
藉由提供高品質的微菌叢代謝物分析，了解微菌叢代謝物在健康/疾病扮演腳色，進而促進腸道菌代謝物在醫療與健康產業的應用。此外，除提供國內學術和產業需求的分析服務外，將激發創新性跨域學術研究，我們將與國內醫學中心、醫療院所之醫研學者合作，除過去以DNA和RNA的常態分析研究策略外，我們更企圖發展以VOCs指標群建立快速分析微菌叢的技術。具體做法是於取樣分析微菌叢的同時收集參與者的氣體樣品，進行VOCs分析並建立數據庫，利用陽明交大已建立的5000位亞健康者之VOCs資料庫，進行數據分析與比對，以建立智慧預測模型。
- 促進微菌產學研究發展與合作
提供先進的微菌研究環境，促進產官學各界臨床前測試水準，銜接臨床試驗，以推動微菌產學研究發展與合作，開發新穎診斷技術、治療方法、疫苗開發及具備高影響力的精準轉譯和公共衛生研究的發展。本核心設施建置的目的之一是建立糞便微菌叢資料庫不僅僅是可保存糞便微菌叢，更重要的是收集正確的個人腸道菌相資料與後端對應之身心健康狀況，乃至於基因訊息。而由前置的糞便檢體的採集及保存，到中間的檢體處理、定序甚至鏈結群體有疾病與健康人群等後端資料庫，均可提供相關豐富的產學研合作的議題及未來發展潛力。
- 整合微菌研究技術發展資源平台
提供進階與前瞻之微菌定植技術服務，促進國內產學研界微菌研究發展，加速國內活菌生醫產品與其他微菌新藥之開發進程。並借助大數據運算、結合AI模型分析，深入理解各種微菌組成，驗證微菌對人體的益害效用，結合微菌基因體科技，解析各類微菌裡的基因體序列，並進行代謝路徑探勘，再由動物及細胞實驗進行轉譯醫學，從中找尋可增強免疫系統的關鍵分子。